Urodzony w 1399 roku w Krakowie, pochodził prawdopodobnie z krakowskiej rodziny mieszczańskiej, jakkolwiek nie z patrycjuszowskiego rodu Bonerów. Kształcił się w Akademii Krakowskiej, gdzie uzyskał tytuł bakałarza. Następnie wstąpił do zakonu Augustianów przy kościele św. Katarzyny na Kazimierzu. Będąc już zakonnikiem kontynuował studia - w 1419 roku wyjechał do Padwy, gdzie został przyjęty do Wyższego Instytutu Naukowego Zakonu Augustianów.
W 1443 roku wrócił na Uniwersytet Krakowski, gdzie otrzymał licencjat teologii, a ok. roku 1445-1448 został doktorem i profesorem wydziału teologii. Nauczał na uniwersytecie aż do śmierci, otoczony powszechnym szacunkiem jako uczony teolog i wybitna osobowość. Przyjaźnił się i współpracował ze św. Janem Kantym i bł. Stanisławem z Lipnicy. Po trzęsieniu ziemi w 1443 roku nadzorował renowację kościoła św. Katarzyny, był też inicjatorem odnowienia kaplicy cudownej Madonny na krużgankach tego kościoła. W klasztorze założył skryptorium, w którym sporządzano dokumenty, odpisy ksiąg, zapisy nutowe religijnych utworów muzycznych.
Izajasz Boner zajmował się także pisarstwem. Przypisuje mu się autorstwo dzieł: "Commentaria in Magistrum Sententiam" oraz "De Sanctissima Trinitate". Poza tymi wszystkimi dziełami słynął Izajasz Boner swoją działalnością charytatywną płynącą ze szczerej miłości bliźniego, pobożnością i gorliwością duszpasterską oraz życiem pełnym umartwień.
Izajasz Boner zmarł w 1471 r. Za życia otoczony opinią świętości, po śmierci został beatyfikowany. Pochowany jest w kościele św. Katarzyny, gdzie w kaplicy jego imienia, urządzonej w 1776 r. znajduje się mauzoleum, w którym spoczywają relikwie błogosławionego.

Tosia